La Compañía de María surge en la historia en 1607, fundada por Juana de Lestonnac, como una forma nueva de vida religiosa para la mujer con un fin específico: la educación femenina. Pionera en el campo educativo, rápidamente se extiende por toda Francia llegando a Barcelona en 1650 y a Tudela en 1687.

El Colegio de la Compañía de María de Bergara nace como fundación tudelana en 1799 en pleno período de la Ilustración. Dicha fundación hay que situarla en el marco socio-cultural de la villa, que en el siglo XVIII tenía grandes inquietudes educativas, como lo demuestran las tres instituciones que se desarrollan: el Colegio de jesuitas (1593-1767), el Seminario de niñas educandas de la Soledad (1732-1799) y el Real Seminario Patriótico (1776-1804).